Nuotolinis ugdymas gimnazijoje organizuojamas atsižvelgiant į epidemiologinę situaciją, LR vyriausybės ir Nacionalinio sveiktos centro nurodymus, bei rekomendacijas. Pal. T. Matulionio gimnazijoje šiuo metu 1-4 klasių mokiniams organizuojamas  tiesioginis mokymasis, 5-8 ir I-IV klasių mokiniams – nuotolinis. Siekiant valdyti mokinių srautus gimnazijoje, mokymasis vyksta klasėms priskirtuose kabinetuose, nurodytos judėjimo kryptys, skirtingi įėjimai.

Nuotolinio mokymo metu ugdymo procese naudojama platforma Classroom į kurią jungiamasi tik su mokinio paštu vardas.pavardė@mokinys.ptmg.lt , vaizdo pamokoms naudojama vaizdo konferencijoms skirta programa Zoom. Kiti šaltiniai: Eduka klasė, EMA ir pan., nėra nuotolinio darbo platformos, bet elektroniniai ištekliai, vadovėliai, pratybos ir mokytojas jas taip pat gali naudoti pamokoje iš anksto nurodydamas, kur mokinys ras informaciją arba atliks užduotis. Mišraus ar nuotolinio ugdymo metu vykstančios pamokos nuotoliniu būdu yra privalomos. Mokinių lankomumas fiksuojamas Eduka dienyne.

Komunikacija su mokiniais vyksta per Eduka dienyną ir mokinio elektroninį paštą. Visą patikslintą informaciją apie nuotolinį ugdymą(si) mokiniai reguliariai gauna iš klasės auklėtojų.