1993 m. buvo įkurta mokykla – darželis „Versmė“, kuri integravo specialiuosius ugdymosi poreikius turinčius vaikus ir savo veikloje rėmėsi katalikiškais ugdymo principais. Nuo 2010 m. gegužės 19 d. mokykla tapo VšĮ Vilniaus katalikiškąja mokykla „Versmė“. Mokyklos steigėjai –Vilniaus arkivyskupija ir Marijos Dangun Ėmimo seserų vienuolynas (asumcionistės). 2017 m. gimnazijai suteiktas „Palaimintojo Teofiliaus Matulionio gimnazijos“ vardas.
Palaimintojo Teofiliaus Matulionio gimnazija yra bendrojo ugdymo mokykla, kurioje diegiamas katalikiškas ugdymas ir garantuojamos mokymosi sąlygos skirtingas intelektualines ir fizines galimybes turintiems mokiniams, siekiant aukščiausios išsilavinimo kokybės, grindžiamos individualiomis galiomis ir poreikiais.