Pal. Teofiliaus Matulionio gimnazija nuolatos vykdo gimnazijos infrastruktūros ir ugdymo tobulinimo projektus. Šiuo metu įgyvendinamas „Palaimintojo Teofiliaus Matulionio gimnazijos infrastruktūros nodernizavimo projektas“. Taip pat mokytojų kompetencijos tobulinti skirtą projektą Erasmus+ KA1 „Netradicinių ugdymo metodų panaudojimas integruotame gamtamoksliniame ugdyme“.

Kiti mažesni projektai vykdomi steigėjų, rėmėjų ar mažų fondų skirtos pagalbos dėka. Šiuo metu atnaujinama gimnazijos koplyčia, siekiant geriau pritaikyti šiuolaikinėms sielovados reikmėms ir liturgijai.