Netradicinio ugdymo erdvėje Pal. Teofiliaus Matulionio gimnazija vykdo formalaus ir neformalaus švietimo veiklas, mokytojų ugdymą ir komandos formavimą. Veiklų pavyzdžiai:

Vasaros stovyklos

Kiekvienais metais gimnazija organizuoja kelias vasaros stovyklų pamainas pagal amžiaus grupes. Vykusių stovyklų temos: biblinė stovykla  „Kelkis ir išeik“, turistinė stovykla „Aš tikrai myliu Lietuvą!“, „Mano herojai“ ir pan. Stovyklose dirba gimnazijos mokytojai, jiems talkina EVS savanoriai, praktiką atlieka Vilniaus Šv. Juozapo kunigų seminarijos studentai.

Komandos formavimo išvykos

Penktų klasių mokiniai kiekvieną rudenį vyksta į dviejų dienų išvyką Balingrade. Šioje išvykoje mokiniai, pradedami mokytis pagrindinio ugdymo(si) pakopoje, susipažįsta tarpusavyje, kelia klasės tikslus, mokosi spręsti konfliktus ir pan. Baigiantis antrajai išvykos dienai kviečiami ir penktokų tėveliai, jie gali daugiau susipažinti su klasės vadovu, pamatyti mokinių pristatymus ir kartu dalyvauti klasės komandos užduotyse.

Vertybinio ugdymo programos (VUP)

Visos gimnazijoje besimokančios klasės dalyvauja vertybinio ugdymo programose (kitaip vadinamose klasių rekolekcijose). Šių programų tikslas – gilesnis savęs, kitų bei Dievo pažinimas, vidujiškumo ugdymas, maldos patirtis. Dalis šių programų yra organizuojamos ir netradicinėje ugdymo erdvėje – Balingrade.

Žaliosios klasės

Tai projektas skirtas įgyvendinti integruotą, patyriminį ugdymą, jame dažniausiai dalyvauja pradinio ugdymo klasių mokiniai. Mokiniai visą dieną praleidžia gamtoje, per patirtį mokosi įprastus mokomuosius dalykus. Pavyzdžiui, matematiką – kasant nurodyto gylio duobutes pomidorų daigams sodinti, skaičiuojant namo plotą ir perimetrą praktiškai; lietuvių kalbą – aprašant gamtos garsus ir vaizdus; pasaulio pažinimą –tyrinėjant geografinį reljefą ir augmeniją ir t.t.

Projektinės dienos

Tai visą dieną vykstantis užsiėmimas gamtoje tam tikra tema. Pavyzdžiui, dailės pleneras, technologijų pamoka ir pan.

Klasių išvykos

Klasės auklėtojai, pagal poreikį, organizuoja klasės bendruomenės išvykas, kuriose mokiniai geriau pažįsta vienas kitą, sprendžia tarpusavio bendravimo iššūkius, nagrinėja pasirinktą temą.