Pal. T. Matulionio gimnazijos ženklelio viduryje – paukštelis. Tai pal. Teofiliaus Matulionio iš Potmos kalėjimo į Lietuvą siųstas kalėdinis žaisliukas dukterėčiai Marytei. Laiške jis pasirašė „Laisvas kalinys“. Žmogų galima įkalinti, ištremti, bet jo dvasia visada lieka laisva, jeigu jis lieka tiesoje prieš Dievą ir kitus žmones. Paukštelis taip pat simbolizuoja Šventąją Dvasią, kuri yra išminties, pažinimo ir meilės šaltinis. Ji yra nutūpusi ant knygos, simbolizuojančios Amžiną Dieviškąją išmintį ir žmogaus siekį atskleisti mokslo gelmes, pažinti ir kurti. Knyga ir paukštis tarsi perplėšia tinklą, pažinimas žmogų išlaisvina iš dvasinio kalėjimo. Tokį tinklą, narvą vaizdavo ir Pal. Teofilius Matulionis savo dovanėlėje dukterėčiai. Kita šių koordinačių ir vertikalių prasmė – Žemės rutulys. Joje mes gyvename ir kuriame savo istoriją. Šv. Marija Eugenija Milere (Marie-Eugénie Milleret) matė Žemę ne kaip ašarų pakalnę, bet kaip Dievo šlovės vietą. Žemėje esame kviečiami kurti Dievo karalystę. Esame atpirkti per Įsikūnijimo slėpinį, kurį atspindi iš žemės kylantis kryžius. Mokykla nėra tik akademinio pažinimo, bet ir tikėjimo atradimo vieta.
Ženkliukui pasirinktas auksinis fonas išreiškia solidumą, kokybę ir mokslo vertę. Mūsų globėjai Pal. Teofilius Matulionis ir Šv. Marija Eugenija Milere yra Dievo garbėje, ši spalva yra ir dieviškumo atspindys. Figūros vaizduojamos  tamsiai violetinės spalvos, ši spalva, naudojama liturgijoje ir asumcionistinėje tradicijoje, ji simbolizuoja atsivertimą ir naują pradžią.
Šis ženklelis yra gimnazijos moksleivio uniformos dalis. Kviečiame jį segėti kasdien ne tik mokinius, bet ir mokytojus. Būti Palaimintojo Teofiliaus Matulionio gimnazijos bendruomenės nariu yra garbė!