Liturgija – tai tikėjimo šventimo bendruomenėje patirtis. Mokytojai ir moksleiviai dalyvauja trejose visos gimnazijos bendruomenės Mišiose per mokslo metus. Šios šv. Mišios dažniausiai aukojamos Šv. Jono Bosko bažnyčioje, kuri svetingai priima gimnazijos bendruomenę.

• Mokslo metų pradžios šv. Mišios ( rugsėjo 1 d. visa gimnazijos bendruomenė kartu)
• Trijų Karalių šv. Mišios (1-4 klasės ir 5-12 klasės)
• Mokslo metų užbaigimo, padėkos šv. Mišios (1-4 klasės ir  5-12 klasės)

VUP dienos programoje numatomos klasės bendruomenės šv. Mišios, jos vyksta gimnazijos koplyčioje arba kitoje vietoje, kur organizuojama Vertybinio ugdymo programa. Advento ir Gavėnios metu šv. Mišios aukojamos mokyklos bendruomenei (norintiems) kartą per savaitę gimnazijos koplyčioje.

1-4 kl. mokiniams ir jų tėvams, kiekvienai klasei atskirai,  organizuojamos šv. Mišios kartą per metus Marijos Dangun Ėmimo seserų (asumcionisčių) vienuolyne.

Kiekvieną dieną pirmoji pamoka pradedama malda ar kitokiu dvasiniu krikščionišku impulsu.

Pal. Teofiliaus Matulionio gimnazijoje  Arkivyskupo skyrimu tarnauja kapelionas. Ką reiškia žodis „kapelionas“?

„Kapelionas – tai mokyklos kunigas. Kartu su sielovados komanda jis rūpinasi religiniu mūsų gimnazijos bendruomenės gyvenimu bei ugdymu. Patarnauja teikdamas sakramentus, reguliariai ir per didžiąsias šventes bei kitas progas aukoja šv. Mišias, laimina, meldžiasi už bendruomenę, įsijungia į tikybos ar kitų pamokų vedimą. Susipažįsta su moksleivių šeimomis, susitinka su mokytojais bei tėvais ir dalyvauja įvairiuose gimnazijos renginiuose. Kapelionas rūpinasi, kad įprastos gimnazijos gyvenimo situacijos ir moksleivių veiklos būtų nušviestos krikščioniškojo tikėjimo šviesa. Tai daroma kūrybingai ir džiaugsmingai skelbiant Evangeliją visai gimnazijos bendruomenei – moksleiviams, jų šeimoms ir mokytojams.“